La transportación acuática es muy común en Ecuador, sobre todo en las regiones de la Costa, el Oriente y las Islas Galápagos
En algunas partes del Oriente, para navegar por los afluentes del Amazonas, se utilizan canoas que funcionan como en la ciudad los buses, haciendo paradas a lo largo de una ruta establecida. Estas canoas pueden ser bastante grandes y llevar hasta 36 pasajeros.
Para este tipo de recorrido recomendamos usar abundantes cantidades de protector solar y de repelente contra insectos; una chaqueta y una mochila donde cargue todo lo que crea que puede necesitar, guardado en fundas plásticas impermeables, por supuesto (ver nuestras listas para empacar). Estas embarcaciones tienen bancos hechos de una madera muy dura por lo que no sería mala idea cargar también con alguna almohadilla o cojín sobre el cual sentarse. Antes de embarcarse asegúrese del precio, pues este varía con frecuencia.
También en algunas partes de la Costa se necesita de los botes para transportarse. Sobre todo para moverse de un pueblo costero a otro y para explorar los manglares, o para llegar a algunos destinos turísticos interiores a los que se llega sólo o principalmente por vía fluvial.
Durante los meses de verano el viajero encontrará múltiples ofertas de botes, en todas las provincias costeras, para salir en excursiones hacia alta mar para avistar ballenas jorobadas que vienen a dar a luz a sus crías en las cálidas aguas ecuatoriales entre los meses de junio y septiembre.
La mayoría de los visitantes de las Islas Galápagos, lo hacen en barco. Normalmente se llega a las Islas en avión desde los aeropuertos de Quito o Guayaquil y una vez allí se toma una embarcación que puede ser desde un pequeño bote para apenas ocho personas hasta un lujoso crucero. Estas embarcaciones suelen ser categorizadas como clase económica, turística o de lujo. Asegúrese de saber con tiempo por lo que está pagando.
Para navegar en las Galápagos se precisa una autorización que sólo dan a embarcaciones que tengan guías con licencia a bordo y luego de pagar varios cientos de dólares por persona por día, como tarifa impuesta por el Parque Nacional. Por tanto el modo más económico de conocer las Islas es llegando allá por su cuenta y contratando in situ un tour local en bote que le lleve de isla en isla.